Sejak awal pembentukan Akademi tersebut diketahui kalau Pemerintah Daerah melalui Anggaran Pendapatan Belanja Daerah (APBD) telah mengalokasikan dana ratusan juta rupiah untuk membiayai seluruh operasional AKBID denganpenyalurannya melalui Daftar Penggunaan Anggaran (DPA) Satuan Kerja (Satker) Dinas Kesehatan Kepulauan Aru, sehingga segala beban biaya baik biaya operasional mendatangkan tenaga pengajar (Dosen) maupun biaya mengikuti magang di luar Daerah serta biaya pengadaan ATK semuanya di biayai oleh Pemda. Diisukan ada pungutan uang SPP oleh Pimpinan Yayasan Jargaria Thomas Benamen terhadap para Mahasiswa Akademi Kebidanan padahal Yayasan Jargaria ini telah di pinjam oleh Pemerintah Daerah sehingga masalah biaya SPP bukan urusan pemilik Yayasan lagi. hal ini tentunya membuat pertanyaan dikalangan orang tua murid, mereka mempertanyakan status kepemilikannya, apakah AKBID sepenuhnya milik Yayasan Jargaria ataukah milik Pemerintah Daerah ? jika memang milik pemda mengapa harus ada pungutan oleh yayasan terhadap siswa? Sebaliknya jika itu milik yayasan mengapa pemda harus membiayainya ?.
Ini disampaikan, Ketua Komite Nasional Pemuda Indonesia(KNPI) kabupaten Kepulauan Aru, Legen Apanath kepada wartawan belum lama ini.
Dikatakan Pemda seharusnya transparan soal kepemilikan AKBID sehingga masyarakat bisa memahami jelas status hukum dan kepemilikan AKBID, sebab selama ini yang terjadi bahwa seluruh fasilitas perkuliahan serta biaya operasional AKBID di tanggung Pemda, sementara belakangan ini diisukan bahwa uang SPP tiap semester dipungut Yayasan bahkanbiaya pembangunan gedung Kampus AKBID.“ Ini kan enak aja ” kata Apanath.
Lebih lanjut menurut Apanath, anehnya! Pemda yang membiayai seluruh operasional kemudian menyiapkan semua fasilitas perkuliaan AKBID sedangkan SPP di tagih Yayasan,kalau memang AKBID milik Yayasan Jargaria, mengapapemda harus membuang-buang anggaran miliaran, ini sebuah pemborosan uang Daerah,mestinya ada keterbukaan pemda, supaya bila memang benar AKBID milik Pemda maka uang SPP itu merupakan hasil Pendapatan Daerah yang harus di setor ke Kas Daerah, kemudian dapat di gunakan untuk membiayai seluruh operasional dan perkuliaan AKBID, tetapi jika tidak demikian maka patut dipertanyakan.
Menanggapinya ketua Yayasan Jargaria Thomas Benamen ketika dikonfirmasi wartawan Rabu 19/9, belum lama ini mengaku apa yang dilakukan Yayasan memang benar, dan sudah sesuai Undang-Undang dan peraturan Akademi serta peraturan Yayasan. Kendati demikian Benamen mengancam bila dirinya mengetahui orang tua siswa AKBID siapa yang memasukan hal ini kepada Wartawan maka dirinya tidak segan-segan mengeluarkan Siswa tersebut dari AKBID. Benamen mengingatkan harusnya para orang tua Murid sadar bahwa semua jenis Perguruan Tinggi di Indonesia baik Negeri maupun Swasta tidak ada kata gratis
Lebih lanjut dijelaskan, kalaupun pemdamemfasilitasi AKBID baik sarana prasarana, maupun biaya mendatangkan dosen itu hal wajar karena uang tersebut merupakan uang negara, tetapi bukan berarti para siswa dinyatakan gratis tanpa membayar SPP.
“Benar Pemdatelah menganggarkan dana untuk memfasilitasi segala sesuatu menyangkut kebutuhan AKBID dimana anggaran tersebut realisasinya melalui Daftar Penggunaan Anggaran (DPA) Satuan Kerja (Satker) Dinas Kesehatan Kepulauan Aru, tapi tidak membatasi Mahasiswa untuk membayar SPP sebab sesuai Undang-undang dan peraturan Yayasan, Mahasiswa berkewajiban membayar SPP atau uang Semester,” akuinya.
Ironisnya Benamen mengaku, sejak Tahun 2008 pemerintah sudah memberikan dana guna mendanai segala kebutuhan AKBID lewatDPA Dinas kesehatan setempat, akan tetapi sebagai pemilik Yayasan dirinya sama sekali tidak pernah mengetahui hal itu.
“Saya juga mendengar bahwa Pemda mengalokasikan anggaran untuk memfasilitasi AKBID setiap tahunnya, hanya saja saya tidak pernah mengetahui, apalagi melihat dana tersebut, padahal saya ketua Yayasan, sehingga apabila ada orang tua Mahasiswa yang ngotot tentang biaya SPP maka secara tegas, saya tidak segan- segan keluarkan dia dari AKBID “ tegas Benamen
